下文讲述全书主要剧情，包含结局。
信箱里有人问她是谁
五月初，十四岁的苏菲住在城市边缘的苜蓿巷三号。她父亲是船长，常年远航，母亲白天上班，家里的猫、鸟、鱼和乌龟陪她度过许多时间。她照常上学，和朋友乔安聊天，有时钻进花园树篱深处的密洞，独自坐一会儿。一天放学，她在信箱里发现一封没有邮票、没有署名的信，纸上只有一句：“你是谁？”
回答姓名似乎很容易，可名字可以换，自己也没有选择过长相。苏菲站到镜前看自己的脸，忽然觉得这个熟悉的人很陌生。第二封信又问：“世界从何而来？”世界若始终存在，似乎难以想象；若曾经什么都没有，事物怎样出现？用上帝解释起点，还会遇到谁创造上帝的问题。祖母已经去世，自己有一天也会死，活着这件平常事因而变得不可思议。
当天还有一张真正经过邮寄的明信片，收件人却是她不认识的女孩席德，请苏菲代转。写信的父亲祝女儿十五岁生日，答应送一份帮助她成长的礼物，说通过苏菲转交最方便。邮戳属于联合国部队。苏菲查不到席德，无法理解陌生人的生日为什么与自己有关。匿名问题、世界的来历和这张寄错似的卡片，一起占据了她的心。
接下来的棕色大信封开始教她哲学。匿名老师说，人除了吃饱、取暖和得到爱，还需要知道自己是谁、为什么在这里。他把宇宙比成魔术师从帽子里变出的一只大白兔，人类住在兔毛深处，大多数人逐渐习惯了周围的一切；哲学家则努力往毛尖爬，希望看清究竟发生了什么。苏菲觉得自己被拉出了日常习惯，急着等下一封信，连和乔安玩耍都顾不上。乔安以为她有了男朋友，母亲听她谈宇宙和白兔，又怀疑她是不是吃了什么药。
老师先带她理解人怎样解释自然。远古的人用神话说明雷雨、四季和丰收，古希腊思想家开始尝试寻找自然本身的原因。苏菲也给春天编了一个公主获救的故事，发觉假如不知道别的解释，自己可能真的会信。读到有人认定万物不变，有人认定万物流动，她开始留意水怎样结冰、不同材料怎样组成东西。德谟克里特斯用恒久微粒的聚散解释变化，老师让她拿积木做实验：积木可以搭成房子，拆开后又组成别的形状。她重新玩起旧玩具，母亲为此高兴，却不知道女儿正在试着理解世界。
衔信的狗与不可能的雅典
苏菲很想找到老师。她监视信箱，发现信被改放门阶；信封边缘湿湿的，还有小洞，仿佛送信者知道她的打算。她写信邀请对方喝咖啡，凌晨终于看见一个戴扁帽的男人取走邀请，跑进树林。男人比她年长得多，她没有跟上去。
老师回信署名“艾伯特”，暂时拒绝见面，答应以后直接把课文送进密洞，让她回信时放一点饼干或糖。苏菲正准备盘问新信差，树丛里却钻出一只金黄色猎狗，把信放下就跑。它叫汉密士，潮湿信封和齿孔至此有了答案。可另一个谜反而更近了：她在床底发现一条绣着席德名字的红丝巾，艾伯特还在信里叫她保管好。远方女孩的东西怎样来到她卧室，老师又为何知道？
课程讲到苏格拉底。这个雅典人用追问让别人看见自己的矛盾，自认没有智慧，却知道自己无知。他相信人能经由思考辨别善恶，最终因触犯权势、被控腐化青年而受审，宁可服毒，也没有放弃自己的信念。苏菲开始不满足于学校里背熟答案的学习方式，和母亲洗碗时也谈起提问与智慧。母亲仍把老师当成那个神秘男朋友，两人越说越不投机。
随后送来的录影带，让函授课越出了普通通信的范围。画面中，黑胡子、戴蓝扁帽的艾伯特站在现代雅典遗址，向她介绍广场和建筑。游客里竟有人举着写有“席德”的牌子。接着残垣恢复成两千多年前的城市，人们换上古装，艾伯特把苏格拉底和年轻的柏拉图带到镜头前。柏拉图直接叫苏菲的名字，给她留下几个问题。苏菲不知该把这一切当成昂贵布景，还是相信自己看见了不可能的过去。
她想到母亲用同一模子烤姜饼人，便理解了下一课里的柏拉图：每只马、每块饼干都会损坏，人却能认出它们共有的形式。柏拉图认为这些永恒的理型比眼前事物更真实，灵魂认识它们，肉身却容易被感官迷惑。洞穴寓言里，人被绑着只见墙上影子，把影子当世界；逃出者看见太阳，返回告诉同伴，反而可能被杀。苏菲读完抬头看树林和松鼠，觉得自己也刚走出一个洞穴。她仍对灵魂不朽有所保留，却已经明白，一个人习惯看见的东西，未必就是全部。
木屋镜子里的另一个女孩
苏菲趁星期日清晨沿汉密士的去路深入树林，在小湖对岸发现一栋红色木屋。她划船过去，敲门无人便走了进去。炉火还在燃烧，桌上摆着打字机和书纸，屋里有狗用的锡碗和金毛，她认定艾伯特住在这里。墙上两幅画的名字尤其相似：风景画叫“柏客来”，人物肖像画的是“柏克莱”。她当时不明白这两个名字的用处。
一面镶铜框的旧镜子让她停下脚步。镜里的女孩竟同时眨了两只眼，仿佛另一个人正在向她示意。镜下还有席德的绿色皮夹，内有钱和一张金发女孩的学生证。狗叫声逼近，她抓起一封写给自己的信逃出去，才发现没拉稳的小船已经漂进湖心，只能绕过沼地，浑身湿透地回家。
她向母亲承认闯了木屋，也承认男朋友是编的，仍隐瞒哲学课和皮夹。母亲说那是少校以前住过的房子，早就空了。苏菲写信向艾伯特道歉，为擅闯和弄丢船而不安。老师并没有生气，只说现在得搬家了。为什么非搬不可，他没有解释。
课程接着讲亚里士多德。与柏拉图不同，他认为人先见到具体的马，才会有“马”的概念；形式和质料就在事物之中。他用分类、潜能和实现整理自然，也认为幸福生活需要人的各种能力得到适度发挥。苏菲听完马上整理起自己的房间，按种类归置物品，再依生长、感觉、移动、思考等能力看待宠物和人。她发现一只不属于自己的白袜，猜它也来自席德。老师对亚里士多德贬低女性的看法提出批评，她此后屡次追问女性在哲学史中的位置。
信件渐渐积成五十多页，苏菲把它们打孔编成讲义夹，像收藏一本专门为自己写的书。她也把课程带进宗教考试，讨论知识、信仰、良知和文化习惯，尽管没有按教材作答，仍得到了A。她的新生活一面使学校里的问题变得可想，一面不断侵占功课和朋友的时间。
席德的线索继续渗入。路上捡到的卡片提及皮夹里遗失的钱，邮戳竟盖着尚未到来的六月十五日，正是苏菲的生日。她重新检查先前卡片，开始怀疑席德也在同一天满十五岁。五月十六日，苏菲拉乔安到木屋附近露营，两人再入空屋，找到一盒席德父亲寄来的明信片。父亲在黎巴嫩服役，准备仲夏节回国；他在信中写女儿的礼物越来越大，最后一张竟点名乔安，像是早知她们今天会来。两个女孩十分害怕。苏菲把铜镜带回家，挂进卧室，想看清镜子另一面到底是谁。
凌晨教堂里的老师
课文也向更辽阔的历史延伸。希腊文化传播后，不同哲学教人节制欲望、接受命运、消除死亡恐惧；普罗汀把灵魂比作神圣光源的一点火花。苏菲读到神秘经验，短暂觉得自己覆盖了世界，随后又清楚感到身体仍在床上，背还有些酸。她尝到了思想引发的陌生感受，也回到了自己的身体。
艾伯特在下一封信里说，席德的世界正逐渐渗透他们的世界，但没有说明“世界”究竟指什么。他讲希腊文化与犹太、基督教传统相遇，讲耶稣、保罗及欧洲信仰的形成，为中世纪课程做准备。
一张撞上厨房窗户的明信片又宣称，苏菲的一两周与“我们”的时间未必相同。紧接着艾伯特第一次打来电话，声音急迫。他说席德的父亲正在逼近，他们必须赶在少校回黎乐桑前争取席德的支持；苏菲得先学完几个时期，尤其要懂柏克莱。老师约她凌晨四点在圣玛莉教堂见面。
苏菲借住乔安家作掩护，天未亮便来到古教堂。艾伯特穿着僧袍，在管风琴声后登上讲坛。这是她第一次当面见他。老师用一天的钟点比拟历史，一个小时相当于一百年，带她想象漫长的中世纪，解释教会、修道院和学校怎样保存、传播知识，以及希腊思想怎样经不同文化流传下来。
谈到奥古斯丁把柏拉图的理型放在上帝心中，苏菲对上帝预定某些人得救、某些人受罚的公平提出异议。谈到圣多玛斯用理性和启示调和亚里士多德与基督教，艾伯特拿小说作比：读者能从作品约略看出作者的性情，却无从仅凭小说知道他的住址和年龄。苏菲马上想到席德。老师这时仍谨慎，说他们甚至不能确定席德是否存在，只知道有人决定把多少明信片、皮夹和丝巾留给他们。
苏菲还追问女性哲学家，听到修女席德佳，以及她所说的女性智慧苏菲亚。这两个名字与席德、苏菲相近，令她猜想自己会不会也向另一位女孩现身。老师没有证实。等她想继续追问，艾伯特已经消失在教堂里。
她终于把秘密告诉乔安。回家睡觉时，她梦见画中的港湾和金发女孩；自己坐在女孩旁边，对方却毫无察觉。女孩奔向穿联合国制服的父亲，苏菲捡起一条金十字架。醒来后，同样的项链竟在自己枕下，刻着席德的名字。梦里与醒后的边界，也开始变得不可靠。
少校把手伸进课程
汉密士带苏菲来到旧城一间阁楼，艾伯特已经搬到这里。楼下明信片准确说她正在哲学家家中，也说席德丢了金十字架。老师愤怒地撕掉卡片，说少校把他们当作女儿的生日娱乐，严密监视他们。苏菲问他是不是席德的父亲，得到否认。她还不知道对方如何做到这些事。
艾伯特穿着相应时期的服装继续讲课。文艺复兴把人的能力和感官经验重新放到显眼位置，实验、印刷、航海和天文学改变了生活。老师让涂了墨的弹珠沿斜面运动，留下轨迹，再用惯性、引力解释行星为什么运行：天空与地面可以服从同样的自然法则，地球也失去了独占宇宙中心的位置。苏菲顺着弹珠的曲线，理解人怎样靠观察修正自以为当然的世界。
然而老师两次把她叫成“席德”，说少校会趁人疲倦借他们的嘴讲话。回家时苏菲缺车钱，恰好捡到十元，之后卡片又说席德丢了十元。电视报道一名联合国少校在黎巴嫩阵亡，吓得苏菲哭起来，母亲更加担心她结识了陌生男人。苏菲不得不承认函授课的存在，后来还把雅典录影放给母亲看，只在古城恢复以前停掉。母亲认出老师很像多年前住木屋的少校，容貌几乎没有变老。她要求见艾伯特，提议请他参加女儿的生日花园宴会。
阁楼里，巴洛克时期“人生如梦”的讨论又让苏菲想到自己的遭遇。笛卡尔怀疑感官和梦醒的界线，最后抓住正在怀疑、正在思考的自己：“我思故我在。”但当他进一步论证上帝存在，苏菲并不因前一步有力就全盘接受；想到一种东西，并不能保证它真在外面存在。老师解释思想与物质的区别，她又问精神如何使身体举手、使悲伤的人流泪，无法轻易把汉密士看成一架机器。
艾伯特打开一个对话程式，说明自己预先输入了苏菲的地址、生日和席德资料，机器的回答因此不神秘。可程式结束后，苏菲键入“艾勃特”，屏幕上竟出现少校的直接回应，他自称无处不在，又要向席德贺生日。老师同样震惊，斥为电脑病毒，随即删掉文件。两个近似的名字至此特别醒目：教她哲学的是艾伯特，远在黎巴嫩、反复干预的少校叫艾勃特。
斯宾诺莎的课让自由意志成为眼前的争论。他认为思想和物质同属一个神或自然，人受自身本性与周围条件限制；手指不能离开手掌独自舞蹈，树也不能任意选择自己的生长条件。苏菲抗拒自己无法做决定的说法。临走剥开香蕉，皮内竟藏着给席德的生日话语，她再一次怀疑连自己的生活都在别人的梦中。艾伯特仍叫她暂缓断言，接着却又喊错了她的名字。
十五岁生日的另一边
六月十四日，汉密士忽然用人声向“席德”贺生日，苏菲再也无法拿巧合安慰自己。可艾伯特仍让她先听完洛克与休姆。洛克认为心灵的材料来自经验，颜色、味道、触感经思考组成苹果等观念；同一个柳丁，她觉得甜，乔安可能觉得酸，感觉便未必照原样复制外物。
休姆进一步问，人是否把重复看见的事误认成必然规律。撞球碰撞、落石下坠，经验给的是事件接着事件，人的习惯却会替它们添上必然联系。他让苏菲设想一只白乌鸦：见过再多黑乌鸦，也不能替尚未见过的每一只作保证。苏菲还反过来抱怨，哲学课总在谈中年男人，婴儿、友情和爱到哪里去了？谈到道德时，老师便用她对杀人和救灾的愤怒，说明同情等感情怎样推动行动，单靠冷静计算无法决定人应该关怀谁。
窗外乌云聚集，一架飞机拖着“席德，生日快乐”的条幅飞过。艾伯特终于开始讲柏克莱：人能确认眼前有颜色、硬度和声音，却不能仅凭感觉证明背后有独立于精神的物质。苏菲用力捶桌，说桌子明明硬得使手疼，老师指出她证实了硬和疼的经验，梦里也可能出现这类经验。柏克莱把世界持续存在的根据放在上帝的心灵中。
这让老师说出两人最害怕的解释：制造他们全部经验的意志，可能就是席德父亲。他或许如同他们的造物者，连天气、时间和思想都能安排。至于他们由什么构成，是声波，还是纸上的文字，他们尚不知道。雷声炸响，苏菲跑进暴雨，感觉十五年生命像要化成一个梦。母亲在路上找到她，抱住哭泣的女儿。
接下来，故事转到六月十五日清晨的席德。她同样在这一天满十五岁，住在黎乐桑的柏客来山庄，有海湾、船屋、苹果树和秋千，家里也有一面古老铜镜。父亲艾勃特少校正在黎巴嫩，送回一个蓝纸包装的生日包裹。里面是一只厚讲义夹，父亲打字写成的作品题名《苏菲的世界》，第一页就是苏菲和乔安放学回家的场景。
苏菲此前经历的一切，原来都是少校写给女儿的故事。哲学老师、明信片、未来邮戳乃至少校的突然插话，都写在里面。苏菲那边过去的几个星期，席德可以在很短时间内读过，难怪两个世界的时间并不相同。
席德越读越投入，错过学校集合，也忽略母亲。那些落入故事的丝巾、皮夹、袜子，确实都是她丢失的东西；镜子和木屋里的风景画都指向自己家。她尤其同情镜子另一面的女孩，想向她解释。读到金十字架，她才发现自己的项链真的不见了。母亲后来说明，曾在平台下捡到并告诉父亲，因此父亲能够把失物写进故事；可是收好的项链眼下又不在珠宝盒里，仍留下一点未能解释的疑问。席德越来越觉得苏菲与艾伯特应该有自己的存在，无法安然把他们只当父亲的娱乐。
两个女孩各自准备反抗
讲义夹继续写着苏菲生日那天。她收下礼物和全A成绩，心里却还在问自己是否活着。艾伯特来电说，即便他们是被创造的念头，也拥有一点存在。他打算寻找脱离少校的支点，不过必须先完成安排好的课程；作者或许到写作那一刻才决定接下来发生什么，这给人物留下了可能。
两人在木屋听启蒙时期的自由、教育与人权。苏菲追问女人，听说德古日为女性争取同等权利而被杀，站在她一边。席德在外层读到这里，还专门查百科确认这个人确实存在。两个女孩都对妇女被排除在知识和权利之外感到愤怒，虽然当时无法彼此交谈，却开始作出相近的回应。
少校仍频繁插入水怪、童话人物和生日卡。康德的课上，艾伯特给苏菲戴红镜片，让她看见的世界全部变红，说明知识既来自外界，也受人本有的认识方式限制。时间、空间、因果帮助人组织经验，人却不能凭这些工具跳出去，把握世界本身的全部。谈到道德，他要求每个人被当作自身有价值的目的，行动原则须能普遍适用。老师由此鼓励她守住理性：少校能安排怪物和雷雨，总不能随意改变算术；不被把戏带走注意，也许能争取一点自主。
苏菲与乔安把生日宴会定在六月二十三日仲夏节傍晚，名为哲学花园宴会，母亲也参与准备。艾伯特答应出席，却提醒她，那一天恰好也是少校回家的日子。他已在秘密拟定逃离计划，少校的注意总跟着苏菲，自己便可趁空行动。
浪漫主义课程谈艺术家凭想象创造世界，谈梦中的花可能在醒后留在手上，正与苏菲的项链经历呼应。艾伯特一度突然说出少校深夜赶写生日礼物的情形，随即愤怒地指出，对方又借了自己的嘴。这时他们已明白自己活在一本书里，直接向读者席德呼救，请她反抗父亲，把人物痛苦当娱乐的做法不能任其继续。老师也问，少校和席德会不会同样是更外层某个人创造的角色，不过两人无法验证这层猜想。
席德收到了呼吁，决定让父亲也尝尝被控制的滋味。她套问他的转机时间，联系哥本哈根的熟人，再请朋友和同学帮忙。父亲还不知道，自己回家的最后一段行程已经被女儿详细布置。
木屋里的课仍往下走。黑格尔说人的思想随历史和争论发展，苏菲听到他贬低女性，马上抗议；老师承认哲学家也会受自己时代的限制。爱丽丝送来红蓝两瓶药水，苏菲喝红水时觉得自己和树林、湖水、老师融成一个整体，喝蓝水时又看见每只蚂蚁、每道波纹和每个人的独特。老师用这两种经验带她理解祁克果为何重视个体：有些真理必须由具体的人亲自承担，面对生命、爱和信仰，人不能只远远讨论。苏菲想到自己是否能自由，也想到少校只顾制造趣味，自己的决定却关乎全部生活。
计划藏在少校没有写出的地方
临近宴会，艾伯特说逃离办法已经想好，不能明讲，因为写出来的字少校都会知道。他们得在没有写出的“字里行间”行动。
苏菲去上课的路上，碰见狄更斯笔下的富翁史古吉和安徒生的卖火柴女孩。她花钱买火柴，又带女孩向富翁求助，富翁却拒绝施援。女孩点燃草丛抗议，人物消失以后，苏菲还得踩灭火。这场遭遇把下一课的贫富与劳动变成她亲眼见到的事情。马克思认为生产条件和劳动关系影响思想、法律与制度；本来能发展人的劳动，在某些关系里使劳动者远离自己的成果，财富也越来越不均。苏菲想到自己不愿上班的姨妈，也无法平静面对女孩挨饿与富翁冷漠。公平问题继续留在她心里。
达尔文课程用苏菲能理解的选择开始：如果只能养少量母牛，她会留下产奶较多的；留猎狗则会看狩猎能力。自然中个体有差异，后代多于资源所能供养，某些差异使生物更容易在特定环境生存、留下后代。苏菲由此把自己与漫长的生命延续联系起来。老师用承载基因的小船比喻个人，也谈死亡后物质重新进入草木。面对少校写来的一句人生徒劳的诗，她仍更喜欢生命能够留下痕迹的回答。外层的席德读到这里，也忍不住走出房间划船，感到书已经触及自己的生命。
最后使逃离计划有了办法的是佛洛伊德。艾伯特讲意识下面还有未被清醒承认的欲望和记忆，梦、口误和自由联想会让它们露出踪迹；创作者也可能先让想象涌出，再作选择。少校随手把迪斯尼人物塞到湖边，令老师恼怒，却也暴露出他无法时时清楚控制自己想象的每个角落。艾伯特推想，作者知道写出的故事，未必知道潜意识里的一切，人物可以在那里躲藏和准备。
他要苏菲尽力吸引少校注意。苏菲一路唱歌、做鬼脸、学机器人和公鸡，还爬树爬得下不来。会说话的大雁把她缩成拇指大小，驮着飞了一程，才让她恢复。她既完成掩护，又回到家与母亲摆长桌、烤面包。眼前生活仍需要她照料，即使她已经知道它由别人写成。
最后一课在咖啡厅进行。艾伯特故意迟到，苏菲满脑子只有“他不在”，别的客人都退成背景。老师借此说明人总带着关切面对世界，再讲萨特认为人须为自己的选择负责，不能用既定本性推卸；自由让人焦虑，也要求人创造自己的生活。西蒙波娃把这种要求带入女性处境，反对把社会规定的角色说成天生如此。
苏菲逐渐对咖啡厅里其他人的生活也发生兴趣，却担心自己将来会习惯世界，再度陷进兔毛。老师继续提醒她查验神秘主义书籍怎样挑选巧合、忽略反例，又带她走到哲学书架。那里居然摆着一本《苏菲的世界》。苏菲害怕打开它，最后还是把书和宴会用品一起带回了家。
她向母亲告别，冲进密洞
公车上，母亲翻开新书，第一页就写着苏菲与乔安。她以为艾伯特化名写了小说，尚未理解自己也在其中。六月二十三日晚，花园摆满食物，灯笼和气球挂了起来，母亲努力筹办的生日宴会终于开始。
艾伯特迟到，带十五朵玫瑰和鞭炮。宴会很快失去平日分寸：乔安主动亲吻男孩杰瑞米，两人滚到树丛里；有人乱扔鸡骨，成年人对这些事情的反应也越来越荒唐。艾伯特站出来向宾客说明，他们全是少校写给席德的生日书里的人物，拥有财产或买了保险，也无法保全这样的存在。他和苏菲已经决定离开，众人至少应该认清自己的处境，保持批判思考。
乔安的父亲愤怒，部分年轻人却愿意听。苏菲最舍不得母亲。她抱着母亲说明自己必须走，母亲终于答应，愿意让她跟老师寻找更好的生活，也承诺照顾乌龟。苏菲仍去喂宠物，给猫留食，再哭着把咖啡端回花园。知道母亲是书中人物，并没有让告别变得轻松。
园子越闹越乱，有人爬屋顶、乱放鞭炮、喝酒，乔安声称要生孩子，父母竟讨论起当晚受洗。苏菲看着满地瓶子、食物和鸡骨，几乎认不出自己的花园。艾伯特催她，必须赶在少校结束故事、席德合上讲义夹之前行动。
一个男孩发动宾士车，冲进花园撞向苹果树。艾伯特趁这场混乱抓住苏菲，把她拉进树篱密洞。人们只看见他们在空气里消失。母亲带着一点自豪说出这句话，继续收拾碗盘。席德读到这里，发现父亲写的故事结束了，却不知道两人究竟成功没有。
他们的去处随后才被讲出：两人穿过树林，划船进小木屋，钻入地板活门，眼前一黑，再出现时已经身在奥斯陆。艾伯特说，他们抓住少校忙着安排车祸的一瞬间，在新旧世界的边缘溜走；也不排除少校写累以后，无意识地放了手。他们脱出了讲义夹，却没有获得与作者一样的肉身身份。
苏菲跑去问路，旁人听不见，甚至直接穿过她，只觉得起风。她和老师成了隐形的人物，不会老，也无法像普通人那样吃喝、碰触东西。他们找到一辆同样属于虚构世界的红敞篷车，向席德家赶去。
回家的少校与海湾边的船
与此同时，少校在哥本哈根机场被广播叫去服务台，收到席德预留的信。食品店、电器店、免税店、登机口处处有指示，让他买东西、按安排走。他不知道女儿是否躲在附近监视，渐渐觉得自己像个任人调动的木偶。这些安排由席德联系的熟人执行，到了挪威又有同学举牌，路边还有标语。少校既生气又好笑，终于尝到故事人物被一股无处不在的力量摆布是什么滋味。
苏菲与艾伯特途中想买饮料，却拿不起现实里的可乐，也压不动咖啡机。一个格林故事中的老妇把他们领进文学人物聚会的地方，那里的人围火庆祝仲夏，可以吃姜饼房，也能用故事换咖啡。她劝他们剪断与凡人世界的牵连，苏菲仍惦记席德，两人继续赶路。
他们来到柏客来山庄，苏菲对着席德耳边喊，女孩似乎察觉一丝气息，却看不见她。少校终于回家，父女拥抱，笑谈双方的把戏，觉得可以扯平了。苏菲在一旁哭起来：席德将会长大、拥有自己的家庭，她却永远停在十五岁。老师安慰她，他们也不会死亡，还能回旧家、结识其他人物。逃离带来了新生活，也留下无法补偿的失去。
午夜，席德靠着父亲坐在秋千上，听他讲宇宙。光需要时间才能来到地球，仰望星空也是看遥远的过去；星系在分离，宇宙曾经历大爆炸，构成生命的物质也参与了漫长的星体历史。父亲说他们也是星尘。可即便把宇宙追到最早的物质，物质为什么存在，依然没有答案。苏菲最初信箱里的问题，就这样来到海湾边的父女之间。
隐形的两人就在附近旁听。现在他们看得见少校，少校却看不见他们。苏菲不肯只满足于旁观，拿车里的扳钳敲席德额头，席德觉得仿佛被牛蝇叮了一下；敲少校却没有反应。她又推动秋千，席德感到凉风，越来越确信空气里还有其他存在。父亲仍倾向把两人看成自己编出的故事，女儿却坚持，他们可能真的在这里。艾伯特也开始承认，苏菲有自己意想不到的本领。
苏菲提议解开平台边的小船。缆绳起初像钉死一般，她和老师仍反复尝试。父女说话间，原本检查过的绳子竟松开了，船漂离平台。席德立即想到苏菲当初在木屋旁弄漂的小船，父亲也半开玩笑地说，或许是苏菲干的。席德再次告诉他，整个晚上他们都在。
父亲想游过去取船，席德提出一起去。故事停在这句邀请上。苏菲终于让另一边的人感到自己的行动，席德也愿意相信那份存在；两人仍没有面对面相认，两个世界也没有合为一个。