《密西西比河上》由马克·吐温写作，全书六十章加四个附录。前半部（第一至二十一章）写他1850年代在河上当引航学徒与正式引航员的经历，后半部（第二十二至六十章）记录他相隔二十一年后从圣路易斯下行新奥尔良、再上溯圣保罗的往返旅程。作者自己干过引航这一行，职业细节来自亲历；城市与乡村的见闻来自1882年的重访。附录A是《新奥尔良时报-民主党人》救灾船在1882年大洪水中的航行记录，附录B是爱德华·阿特金森为联邦河务委员会方案写的说明，附录C记述巴西尔·霍尔《北美游记》在美国引起的反应，附录D收录印第安传说《不朽的头颅》。
吐温在第二十二章交代了这次出行的办法：他带一名诗人和一名速记员同行，用化名登船，理由是被人认出来就打探不到实话。书中材料的来源因此分成几层：他亲历与亲见的场面，船上船员和乘客的口述，早年英国旅行家（霍尔、特罗洛普夫人、默里、马里亚特、麦凯）的书，帕克曼笔下的拉萨尔探险，以及各家报纸的报道。作者转述口述时常常保留讲述人的口音和身份，也偶尔点破讲述人的水分——某位引航员讲完初次参战经历后，老船员姆福德私下说他把那次受惊"添油加醋地镀了金"。读者拿到手的是一份带着观察者位置和可信度标注的证词。
全书的时间线是断裂的：前半停在1860年前后，后半始于1882年4月。两条线由同一个人物贯穿——他会看河道，也认得旧人。这种旧引航员重访故河的结构，决定了书里反复出现的主题：拿记忆里的河对照眼前的河，拿职业眼光对照旅客眼光。
前半部：引航学徒的年代
河流的秉性
第一章用一组可测量的事实开头。以密苏里河为主源，密西西比河全长四千三百英里；有一段它绕出一千三百英里的弯，而乌鸦直线飞行只有六百七十五英里；它每年往墨西哥湾倾倒四亿零六百万吨泥沙，这些泥沙凝固起来可以堆成边长一英里、高二百四十一英尺的方块。这条河向海口收窄，从俄亥俄河汇流处平均一英里宽，到海口上方只剩半英里多，水深却从八十七英尺增到一百二十九英尺。它还擅长截弯取直，一次能把自己缩短三十英里；德尔塔镇原来在维克斯堡下游三英里，一次截弯后变成了上游两英里。
作者把1542年德索托初见大河这件事放进欧洲史的上下文里：那时莎士比亚还没有出生，路德还有两年寿命，西斯廷教堂《最后的审判》的颜料还没干。他用这种对照说明"美国历史年轻"的说法需要修正。第二、三章转述若利耶与马尔凯特1673年的独木舟之旅和拉萨尔1681至1682年的全程漂流，并把三个与发现相关的重大事件都圈在后来阿肯色州拿破仑镇的位置上。蒸汽船出现后，平底船与木排的货运被逐步吸收，旧筏运时代结束。第三章插入一段出自《哈克贝利·芬》手稿的木筏夜话，用十三个筏工的口语写出旧筏运人的谈吐与凶悍。
引航员要背下整条河
第四至十三章是全书职业内容最密集的部分。作者按学徒进度逐项交代要求：记住圣路易斯与开罗之间一千二百英里河道上每一处城镇、拐弯、沙洲、暗桩和单枝棉杨树的名字；在夜里靠"河的形状"行驶，同一段河在星光夜、漆黑夜、灰雾夜和不同月相下呈现不同形状，所以要把形状记在脑子里而不是记在眼前；还要读水面的纹理，区分暗礁、浅滩、新沉桩和风造成的假礁。毕克斯比教练的教法以斥骂为主，名言是"我会把你教会，否则就弄死你"。测深（sounding）有整套程序：小船划到浅滩上方，引航员用十到十二英尺的标尺探底，放浮标，汽船对正浮标冲过去；浮标是一块四到五英尺长的翻边木板，夜里顶上一盏纸灯笼，一英里外可见。
第十三章把引航员需要的能力归纳为记忆、判断和临危不乱的勇气三项，并说记忆必须达到"精确科学"的程度。他举的例子是：测深员连喊半打"half twain"，中间夹进一声没有重音的"quarter twain"，数周后引航员仍能报出那一刻船的位置和水深。他还区分天生的记忆与训练出来的记忆：布朗先生的记性包罗万象，结果他在谈话里刹不住车，讲一条狗的故事会绕到主人、亲属、婚丧、猪肉行情和布道词。
第九章有一段全书最常被引用的转折。学会读水面之后，河流对作者变成一本"死语言的书"：乘客看见的是阳光和云影画出的图画，引航员看见的是"斜纹代表暗礁，酒窝代表沉船"的凶险文字。他承认自己失去初见河流时那种日落般的美感，并拿医生的眼光做类比——医生看脸颊的红晕只想到病灶，有时也会怀疑自己学这行是得是失。这一段的观察位置在职业内部，说的是一项技能怎样改变拥有它的那个人。
行会、竞速与截弯取直
第十四、十五章写引航业的地位与组织。船一出港，指挥权就归引航员，船长无权干预；薪资最高时，密苏里河一个来回九百美元，相当于每月一千八。工资后来被蜂拥而入的新手压低，约十二名引航员于是组建"引航员互助协会"，用养老金、寡妇抚恤和免费安葬把退休者拉进来。协会的垄断手段是情报：它在沿途码头船上设带邮政锁的投递箱，会员用统一表格交换每日航道情报，钥匙的握法就是会员标志；非会员得不到这些消息，接连搁浅出事，保险商随即要求船长一律雇用协会引航员。协会随后把入会费提到五十美元，并追缴自协会成立以来全部工资的百分之十。结局是铁路分流客运、内战摧毁货运、圣路易斯协会司库卷款逃走、拖驳船队取代直达船，协会和"引航这门高贵的学问"一起走进历史。作者既详细描述协会如何严密，也记录它如何崩溃。
第十六到十八章补旧时代日常：汽船离港的仪式与竞速——"日食号"与"肖特韦尔号"的著名对赛，新奥尔良与开罗之间的纪录先后被几艘船改写，早年"J. M.怀特号"三天六小时四十四分，1853年"日食号"三天三小时二十分，1870年"R. E.李号"三天一小时；截弯取直对里程的缩短——一百七十六年间下河缩短了二百四十二英里，作者用这个平均数开玩笑地外推，说一百万年前密西西比河有一百三十万英里长，七百年后它会只剩一又四分之三英里、开罗和新奥尔良会合成一个市长管的两城。这节玩笑正好演示了他对"科学外推"的怀疑：一小撮事实能批发一大堆猜测。
宾夕法尼亚号爆炸
第二十章写作者兄弟亨利之死。宾夕法尼亚号在希普岛以北、孟菲斯下游约六十英里处，八台锅炉里有四台爆炸，前三分之一船体被掀向天空，随即起火。引航员布朗和总事务员乔治·布莱克从此失踪；乔治·伊勒在被炸飞的过程中用衣领捂住口鼻避开蒸汽，落地后先找回自己的棋子与长笛。亨利被抛进河里，先游向岸边，又认为自己"没受伤"而游回船上帮助抢救伤员，最终伤重不治。作者在孟菲斯的大厅里看守六天，看护人员每天把垂死者无声抬进单独的房间，以免影响其他伤员；首席大副几次被抬进"死屋"又活过来，唯独亨利没有。全书对这场灾难只叙不评，事故细节按事发当天的班次、位置和动作逐一交代，包括四百名甲板乘客的估算和"亨利回来时已昏迷"的医院处理。
后半部：重访与变迁
重返与旧业的消亡
第二十二章交代重访的安排：离家二十一年后，作者带诗人与速记员西行，用化名登船。第二十三、二十四章写圣路易斯的码头——他记忆里"一英里长的醒着的气船"只剩半打睡着的，台球房和酒吧里不再有河上人的派头；登船后他听引航员罗布·斯泰尔斯讲"鳄鱼船"之类的谎话，心里清楚这套吹牛传统还在，只是吹牛者换了人。第二十五章记圣路易斯到开罗的航程，沿途铁路、制服、灯塔取代了旧物；第二十六章经过内战战场：哥伦布、贝尔蒙特之战、第十号岛、纽马德里，转述一名引航员的初次战斗经历与达内尔-沃森两家的世仇。1882年的大洪水这时还未退，作者在纽马德里记下：洪水最宽处河面达七十英里，冲垮了两岸多处堤防。
蒸汽船时代如何终结
旧日的四千艘汽船、成片煤驳与木排不见了，政府把暗桩挖掉、在每处浅滩两端装灯，毕克斯比与里奇还绘制了带罗盘的航道图并申请了专利，引航员可以在雾中按图行船。作者承认安全和便利，同时说这些设备"把浪漫从引航里赶走了"。拖轮一次拖三十二艘驳船、装六十万蒲式耳煤，运费每蒲式耳三美分，共一万八千美元；同样的煤走铁路要十八万美元（数字引自《辛辛那提商业报》）。客运和直达货运被铁路夺走，蒸汽船只剩沿程零担，由两三家资本雄厚、管理系统的公司经营。作者给出的寿命表：蒸汽船业约在1812年前后诞生，三十年后壮大，再不到三十年就基本死了；他比作一条曾经能跳二十二英尺的八旬残废。
政府治河与河上工程
第二十八章与附录B处理联邦河务委员会。委员会由工兵军官、水文专家、工程师和法官组成，计划用枝条坝、护岸和束水工程把河道收窄加深。作者转述老船员姆福德的怀疑：水想走哪边走哪边，给河修堤"比新建一条密西西比还贵"。他与河畔各种人交谈后，列出五种互相对立的治河理论——束窄主槽、只修堤防、堤防反而垫高河床、分洪入庞恰特雷恩湖、上游修水库补水——并说这五种病他全得过，见到信哪种的人就被哪种传染。附录B是阿特金森的文章：战争破坏了堤防系统，各州因百分之十八到三十的利率借不起钱，只能由联邦把流域当一个整体来治理；方案以枝条护岸和束水为主，堤防是护岸之上的"冠冕"，并否定了开新泄洪道的想法。作者在正文里既承认伊兹用拦沙坝在新奥尔良河口把航道挖到二十六英尺"看上去不可能却做成了"，也保留姆福德"河不会听话"的保留意见——两种判断在书里并存，没有合并成一条结论。
战争留下的痕迹
第十号岛被河水冲得只剩一小撮树丛；纽马德里在洪水里遭淹。维克斯堡因截弯取直变成内陆"乡城"，1863年5月8日到7月4日六周炮击的痕迹还在：粘土悬崖里挖着Y形洞穴。作者转述一名非战斗人员的叙述——日子变成"天天都是星期天"，妇人们边走边仰头看炮弹，有人被弹片削掉胳膊时，此人心里最先冒出的念头是"威士忌保住了"；婴儿在洞里出生，一个洞挤过二十五人；此人写了六天日记，第一天八页，第七天停笔，因为"可怕的日子变成了家常便饭"。城门口的无字纪念碑刻着"1861至1865年间为国捐躯的一万六千六百人长眠于此"。孟菲斯在黄热病流行时人口减了四分之三，到1882年恢复过四万，棉花年收五十万包。
南方的庄园、经济与世仇
卡尔霍恩土地公司在阿肯色州奇科特县买下一万英亩地种棉花，计划现款经营、按百分之八到十的利润向雇工供应生活品，替代老办法：种植园主赊账买种与用品，经销商从收成里抽走约百分之二十五。棉籽油工业同期兴起：棉籽过去几乎不值钱，如今每吨十二三美元，精炼后冒充橄榄油返销欧洲，逼得意大利征收高额关税。作者还记下种植园主与旧奴隶之间冷淡的商业关系，以及孟菲斯酒吧老板关于船客买西瓜、黑人工人点"大杯调酒"的观察。
世仇一节来自一位在当地长大的乘客（第二十六章）：达内尔与沃森两家仇杀五六十年，起因无人记得，一说是为了一匹马或一头牛；两家同在一座跨州界的小教堂做礼拜，男人们把枪靠在墙上，挨着过道的那位不跪下。讲述人给这段故事的定性是"把杀人当成了宗教"。默雷尔帮（第二十九章）则引自一本半世纪前的旧书：千余名盟誓同伙组成的盗马、拐卖黑奴、造假币团伙，默雷尔本人被判十四年监禁，后来一名叫斯图尔特的青年混入高层告发了一切。
新奥尔良的城市见闻
第三十八到四十七章是全书最长的一段城市游记。作者先说汽船内部本身就是"宫殿"级的东西，再以夸张口吻批评新奥尔良的公共建筑，概括说全城除墓地外没有值得称为"建筑"的地方；紧接着他又说明，私人住宅舒适而无可指摘。死者葬在地面上的石砌墓穴里，作者援引医生勒莫瓦纳与芝加哥医学会珀迪的统计主张火葬，并记录一名殡葬业者的生意经——棺材从不降价，流行期间生意反而差，因为疫病时人们等不及停灵用冰与防腐。法国区由作者与小说家凯布尔同游；教会广场、圣路易酒店、湖滨西区、庞帕诺鱼、"扫帚旅"持帚操演、购物后讨要"lagniappe"（白送的小添头）的习俗，还有南方口音与语法的一连串观察：丢r、加y、"yes, suh"、"reckon"。斗鸡场上"没有一张凶相的脸"，黑公鸡战死在场内；骡赛第一场十三头骡子、两分二十二秒，骑手穿全套骑师彩衣。
第四十六章写狂欢节与瓦尔特·司各特。作者二十四年前看过"科穆斯神秘船队"的化装游行，如今规模与花费更大；狂欢节原是法西占领期的宗教遗物，宗教色彩已褪，骑士与头衔成了主体。接着是他对司各特长段批评：司各特让南方爱上中世纪骑士的假排场，制造出头衔与等级崇拜，美化了决斗和浮夸言辞；作者说，没有司各特，南方性格会完全是现代的，并把内战的责任也部分记在他账上。这段是作者的主张，书中没有给这主张提供统计证据，只有他对南方文学风气和时人言谈的观察作支撑。
汉尼拔：童年与死亡
第五十三到五十六章写回到童年小镇汉尼拔。作者站在假日山上辨认旧屋，向晨走的老先生打听故人：神童毕业却一事无成，最亮的男生被生活打败死在准州，女孩嫁了三次，一个公认的"傻瓜"成了全州第一律师——老先生的解释是"要是把傻瓜送到圣路易斯去，他们永远不会发现他傻"。他重访主日学校，讲起两场童年死亡：莱姆·哈克特星期天溺亡后，那夜雷电交加，他以为天罚会捎带上自己；"荷兰仔"能背三千节经文，次日溺死在插着木桩的溪坑里，男孩们躲进黑莓丛想看他出丑，他再没浮上来。还有镇监狱里烧死的流浪汉——镇上讹传是酒鬼吉米·芬，作者承认自己给过他火柴，多年背着负罪感，直到弟弟在睡梦里听他说漏了嘴，误以为凶手是另一个男孩本·孔茨。
童年轶事里还有一位木匠，自称用刀杀了三十个姓林奇的人、在每具额头刻十字，被镇上真正的林奇先生当众揭穿；作者小时候全信了，多年后仍记得那些杀人故事的细节。作者把童年信念的形成与破灭都写在这几章里，素材是权威、恐惧、玩笑和一次当众揭穿。
上游的新城市
第五十七到六十章写圣路易斯以北。奇灵、伯灵顿、达文波特、罗克艾兰、拉克罗斯、杜比克等城市人口从数千到数万；罗克艾兰有联邦兵工厂，瀑布区的水力驱动明尼阿波利斯三十家面粉厂年产两百万桶面粉，十六条铁路在明尼阿波利斯汇聚。作者说这些城市"一夜之间长出来"，欧洲旅行家的书里从没提过；他开玩笑地把"文明的先锋"送给威士忌——威士忌先到，随后是传教士、移民、商人、赌徒、律师、报纸、铁路、教堂和监狱。圣保罗的邮局三十六年前才设立，当时邮差收到信要骑马送到华盛顿问怎么处理；皮埃尔·帕朗1837年6月在当地盖起第一座木屋，卖威士忌给印第安人，作者说"结果就在眼前"。
附录里的四份材料
1882年大洪水
附录A是《时报-民主党人》救灾船"苏茜号"的航行记录。黑河与坦萨斯河流域全部泡在水里，水位仍在上涨；特洛伊与特里尼蒂两个镇泡在水中，人畜撤到印第安人几百年前堆的圆形土墩上——土墩直径约一百五十英尺，高出水面约十二英尺。约克将军在特洛伊调度租来的船和平底船，往外拖牲口、发口粮；孩子划着独木舟去采柳叶喂牲口。一位老种植园主说从没见过这么大的水，牲口损失超过四分之一。记录里反复出现的一个细节是居民不肯离屋——埃利斯一家水漫到床沿下两英寸，还要"挺一挺"，直到水与天花板之间放不下站人的架子才肯走。
河委会方案与霍尔游记
附录B的内容见前文。附录C记述巴西尔·霍尔《北美游记》出版后美国读者的反应：全书被斥为通篇谎言，坊间传说他是英国政府派来贬低美国的，作者（附录未署名）却指出霍尔行文克制、多有褒词，美国人对批评"没有皮肤"。这段材料解释了吐温在正文里反复引用的那些旅行家书为何在美国不受待见。
印第安传说
附录D收录《不朽的头颅》全文：兄妹相依的伊阿莫被姐姐无意中害得失血而亡，头颅被砍下后仍能说话、指点姐姐打猎；十个兄弟出发猎取巨熊守护的贝壳串，一路靠祈祷引来的守护精灵轮流掩护，最后姐姐用兄弟的头颅击败巨熊，再把它拼回身体复活。正文第五十九章已引过其中冬夏两神对话的《佩博安与西格温》。作者把这些传说从斯科尔克拉夫特的旧书里找出，并说明《海华沙》采用了其中一则。
从这本书里能带走什么
引航各章提供了一套技能养成的完整案例：把一千二百英里河道变成可以闭眼默画的形状，把水面的纹理读成文字，把每次测深数据存进记忆。书里同时给了这套技能的账单——学会读水之后，作者再也看不见那条让他震撼过的河。对任何靠训练吃饭的行当，这个对照都成立。
行会一章记录了信息垄断如何充当工资的护城河：协会不靠暴力，靠把航道情报锁进带邮政锁的投递箱，会员每天交换最新消息，局外人只能靠一星期前的旧情报冒险。这套机制解释了为什么效率最高的组织也会让后来者付出代价，也解释了它最终为什么解体——铁路、战争和拖轮从外面改变了河运市场，内部司库又卷款逃走，垄断没有输给竞争，它输给了市场的消失。
治河各章展示了工程判断的边界。同一段河，有人信束水，有人信堤防，有人信分洪，作者把五种主张都摆出来，只给了一个共同点：所有人都在等国会拨款。附录B给出工程方案的技术细节，正文则保留姆福德的怀疑与伊兹拦沙坝的成功，两种证据放在一起，没有强行合成一个结论。读这部分时值得记住的是：书中每一种治河理论都有现实的支持者，而河的破坏力在1882年洪水里刚被验证过一次。
最后是证词的刻度。全书从亲历、转述、旧书、报纸里取料，作者几乎总记得标出每段材料来自谁、可信到什么程度。引航员讲完勇敢的初战，姆福德立刻点破他"镀了金"；木筏鬼桶的故事套在哈克的手稿里；流浪汉之死要靠作者自己承认"我给他送过火柴"才完整。这种对材料来源与可信度的标注，是这本书留给读者最可复用的习惯——它不替读者过滤，只把过滤的线索放在显眼处。