社会权力的限度
穆勒在1859年出版的《论自由》讨论“公民自由或社会自由”：社会能够合法施加于个人的权力具有什么性质，应当止于何处。全书篇幅不大，但论证密度极高。穆勒逐个推演思想言论自由、个性自由、社会与个人权界以及自由原则的实践应用，组成一条连续的论证链。
穆勒在第一章开篇就提出了全书的枢轴原则——伤害原则：违背个人意志而施之于文明社会任何成员的权力，唯一正当的目的仅仅是防止其伤害他人。个人自身的利益，无论身体的还是精神的，都不能成为对其实施强制的充分理由。任何人的行为，只有涉及他人的那一部分才需要对社会负责。在仅仅关涉他自己的那一部分，他的独立性是绝对的。对于他自己，对于其身体和心灵，个人就是最高主权者。
穆勒明确声明，这一原则的伦理基础是"最广义的功利"，基于"作为不断进步之物的人的长远利益"。他抛弃了抽象权利概念，转而以功利作为伦理问题的最终归宿。这一选择意味着，伤害原则本身也是一个需要接受后果检验的主张，而非不证自明的先验命题。
原则的适用范围
穆勒对自由范围的界定包含三个层次：最广义的良心自由，覆盖思想、情感、意见和态度的绝对自由；品味和志趣自由，即按照自己的特性规划生活、做自己喜欢做的事并承担后果的自由；以及在不伤害他人的前提下个人联合的自由。他同时设定了两个明确的排除条件：该原则只适用于能力已臻成熟的人，不适用于儿童或法定成人年龄以下的年轻人；也不适用于"其种族自身尚可被视为未成年的落后的社会状态"——这一排除条件反映了穆勒时代欧洲思想中普遍存在的殖民主义预设，读者需要将其与书中的核心论证区分开来。
穆勒将威胁自由的来源从传统的政治统治者扩展到了社会本身。他借用了托克维尔的"多数者暴政"概念，但将分析推得更远：社会暴政比政治暴政更深地渗透到生活细节之中，甚至束缚人的心灵，使人更加无法逃脱。防范官府的暴政还不够，还需要防范优势意见和大众情感的暴政，防范社会将自身的观念和做法强加于异见者的倾向。集体意见对个人独立的合法干涉有一个限度，发现并维护这一限度，与防范政治专制同等重要。
思想言论自由的四层论证
穆勒在第二章展开了对思想言论自由的四个论证，这是他全书论证最长的部分，也是逻辑最严密的部分。
第一个论证是易错性论证。权威试图压制的意见有可能是正确的。压制者不承认其正确性，却无法证明自己永远不错。禁止任何讨论，就是认定自己绝对无误。穆勒补充了一个关键的区分：认定某一意见正确是因为它在一切与之竞争的场合中都未被驳倒，与认定它正确是因为它不容反驳，两者之间有着根本区别。给予反驳与质难的完全自由，是人类有理由为了行动目的而认定某意见正确的先决条件。穆勒用苏格拉底被雅典法庭判处死刑、耶稣被钉死在十字架上、马可·奥勒留迫害基督教这三段历史，说明即便是最贤德之人在确信自己正确时，也会犯下后世看来不可饶恕的错误。他同时指出，真理并不能天然战胜迫害——"真理被迫害扑灭的例子史不绝书"，它之所以能幸存，往往是因为迫害并非持续不断，而非因为真理天然具有抵抗力。
片面真理与教条化
第二个论证是片面真理的论证。即便被压制的意见是错误的，它也可能包含部分真理。通行意见很少或从未能涵盖全部真理。异端意见通常包含被遏制和被忽视的真理。穆勒举了卢梭的例子：十八世纪时，卢梭的悖论冲击了当时过度自信的文明观念，其中包含的"纯朴生活更为可贵"的真理沉淀下来，影响了后来受过教育者的观念。在政治领域，秩序与进步两派的对立使双方保持在理性和稳健的限度之内。穆勒进一步指出，基督教道德本身也是不完整的，它偏向消极、被动、服从，缺乏希腊和罗马传统中那些关于公共义务、人格尊严和荣誉感的元素，需要其他道德伦理的补充。
第三个论证是鲜活信念的论证。即使公认意见不仅正确而且是全部真理，如果它不经受有力而认真的挑战，大多数接受者抱持的只是一项成见，对其理性根据毫无理解或体认。穆勒用一个极富洞察力的观察来说明这一点：当一种教义还在为自己的生存而奋争时，没有人会抱怨信徒无法保持对真理的生动理解；一旦信仰变成仅靠传承的教条，人们就开始"除形式以外忘掉所信的一切"。他以基督教伦理为例：几乎所有基督徒都声称相信福音书中的训示，但一千个基督徒中难得有一个以那些训示为参照来指导其个人行为。信徒实际遵循的是基督教义与世俗生活利益和见解相调和的产物。穆勒引用了一句当时作家的评价："定见必寝"——一个不再被质疑的信念，最终会陷入沉睡。
第四个论证是意义丧失的论证。如果信条的意义不再通过辩论被反复激活，其含义本身就会变得岌岌可危，由隐晦而至于消失，对人的身心言行不再有积极影响的能力。最终，信仰仅仅剩下形式，非但无益于为人增福，还破坏了根基，妨碍了任何真实而诚挚的信念从人类理性或个人体验中生长出来。
表达方式的边界
围绕言论自由的边界，穆勒讨论了表达方式的问题。他承认恶语谩骂、人身攻击等过激辩论方式令人反感，但反对以法律限制，主张由舆论根据每件事的实际情形做出裁决。他特别指出，主流意见一方使用无度的辱骂，能够吓阻人们发表相反意见，即便有人敢发表，也没人敢去听。因此，对主流意见一方限制无节制的谩骂，比约束非主流意见一方更为重要。
个性自由与生活实验
第三章讨论个性自由，穆勒把论证重心放在"行动"和"生活方式"上。他的核心命题是：个性自由是幸福首要而必不可少的因素之一；在并非首先关涉他人的事情上，个性就应该得到伸张。人们的行为方式，只要自负其后果，就该被允许将自己的意见贯彻到行动之中而不受干涉。
穆勒直接回应了当时社会的主流倾向。他指出，大多数人以现有习俗为满足，不能理解为什么那些习俗并非对每个人都足够好。多数道德和社会革新者也不把个性舒展视为有价值的目标，反而认为它只会徒生滋扰。穆勒用机器与树的比喻区分两种人性观：机器按照统一模型组建，精确执行预定工作；树根据活体内部的力量朝不同方向成长。人应当像树一样发展自己的能力。
激情、天才与首创性
穆勒对激情与欲望的辩护值得注意。他的论点是：欲望与激情跟信仰与克制一样，同为一个完整之人的组成部分。强烈的冲动只有在失去适当平衡时才危险。激情如火本身不会使人为恶，良心孱弱才会让冲动失去约束。缺乏血性与良心孱弱是一对天然的孪生子。他进一步指出，富于精力固然可能为恶，但更多的善举总是出自活力充沛的性格，而非出自萎靡怠惰者之手。一个欲望与激情不能由自己决定的人，毫无个性可言。
穆勒认为，当时的社会已经大大强于个人，人性面临的威胁是激情与嗜欲不足。每个人都生活在怀有敌意的目光与令人恐惧的审查之下，人们少问"什么才适合我自身的性格和气质"，更多地问"与我的身份相符合的是什么？比我地位与财力更高者通常会做些什么？"穆勒将这种状态与加尔文派教义直接联系起来：加尔文派认为人的最大罪孽在于自我意志，一切善行都包含在服从之中。穆勒指出，这种狭隘的生命理论在隐蔽的形式下正愈演愈烈。
穆勒关于天才与首创性的讨论，需要放在他的整体论证中理解。社会若要从天才的创造中受益，就必须维护他们得以生长的土壤。天才只能在自由的空气里自在地呼吸。如果社会不能容忍天才的棱角，给他们贴上"野人""怪物"的标签，那么对社会而言，虽有天才却未受其益。穆勒承认大多数人对此完全漠不关心，他们认为如果没有天才，"人们照样会做得很好"。他的回应是：不具首创力的头脑自然不能感受到首创的用途——如果他们能明白，那它也就不成其为首创了。
习俗专制与社会趋同
穆勒将"习俗的专制"视为人类进步持久的障碍。他举了整个东方作为例证：东方民族必定曾经拥有过创造力，但后来却成了异族的臣属或附庸，因为他们一旦不再拥有独立之个性，就陷入了停滞。他以中国作为最详尽的案例：中国是一个人才兴盛、在某些方面极富聪明智慧的民族，在草昧时代就有了一套特别优良的风俗制度，并且竭尽可能将聪明睿智深印在社会的每一个人心中，确保最富智慧的人占据尊贵显要的高位。但中国却从此静止不前，一停就是几千年；欲使其再有更进一步的改善，必得有赖于外人。穆勒将现代公共舆论一统天下的体制形容为中国教育和政治体系的翻版，警告欧洲若不保护个性，终将变成"另外一个中国"。
穆勒将欧洲之所以能保持进步的原因归结为"性格与教养异常歧异多元"。个人、阶级和民族彼此之间都极为不同，开拓出大量各种各样的道路，每条道路都有其可贵之处。但欧洲正在日益向千人一面的中国理想趋近：人们阅读相同的书报，耳闻相同的论道，眼观相同的事物，去往相同的地方，抱有的希望和恐惧也指向相同的对象。穆勒认为，所有政治变迁、教育扩展、交通工具改进和工商业扩张都在推动这种趋同。
群己权界
第四章处理全书最核心的边界问题：个人之于自己的主权，其正当界限在哪里？社会的权力又该从哪里开始？
穆勒的划分标准是：凡是生活中大体关系个人利害的事情，就该属于个性；凡是主要关系社会利害的事情，就该属于社会。但他同时承认，一个人的自我伤害行为确实可能通过心理同情和利害牵涉而影响他人。他的处理方式是将责任锚定在具体义务上：当一个人因自我伤害的行为而违背了对他人明晰而确定的义务时，谴责的理由只能是背弃了义务，而不能是自我伤害行为本身。例如，一个人因放纵奢靡而无力偿还债务或抚养家人，他应该受到谴责的理由是背弃了对家庭或债权人的义务，而不是奢靡行为本身。
穆勒讨论了社会能否以"榜样力量有害"为由干涉个人行为。他的回答是：如果那种榜样确实表现出行为不当，只要对它加以公正的谴责，在多数情形上，也必会显示出随之产生的痛苦或可耻的后果，被意欲模仿者引为前车之鉴。社会仍然可以通过表达厌恶、选择不与之交往、告诫他人不要与之来往等方式表达反感。这些属于"缺陷自然甚至可说是自找的结果"；社会不应为了惩罚而有意强加额外后果。
私德、公德与惩罚
穆勒提出了一个关键的区分：私德缺陷（如缺乏审慎、缺乏自尊）与公德缺陷（如暴戾残忍、虚伪狡诈）性质不同。只有当一个行为违背了为保护同胞安全的必要规则时，社会才应该以惩罚来回应。穆勒用了一个鲜明的对比来总结：在他仅仅使我们不高兴的事情上，我们可以表达厌恶，但不必破坏他的生活；在他侵犯了他人权利的事情上，他是"我们庭上的犯人"，社会必须施以惩罚。
穆勒对公众干涉个人行为的最大反对理由是：公众不干涉则已，一旦有所干涉，则往往错谬百出，且动辄干涉它所不应干涉的事。在事关社会道德及对他人的义务等问题上，多数意见虽也常常犯错，但仍可能对多而错少，因为他们只需判断自己的利益。但在个人只关自身的行为上，大众意见充其量不过是以某些人的看法为他人做出利害判断，往往连这点也称不上——他们以绝对漠视的态度，对行为遭谴责者的快乐或便利完全置之不理，仅仅顾念自己的好恶。
穆勒用了大量实例来支持这一判断：伊斯兰教徒对吃猪肉的憎恶，西班牙天主教徒对非天主教礼拜方式的禁止，清教徒对音乐、舞蹈、戏剧等娱乐活动的取缔，美国多数人对超出常人所能及的奢华生活的反感，英国禁酒联盟对"社会权利"的无限扩张性定义，安息日立法对娱乐活动的限制，以及英国公众对摩门教一夫多妻制的仇视。穆勒在摩门教案例上表现出了原则一致性：他个人对一夫多妻制"深恶痛绝"，但认为人家已经离开了不能接受其教义的故土，避走他乡，既未侵犯其他民族，又允许不满者自由离开，在这种情况下仍不容他们在自身想要的法度下安生乐业，除了暴政原则外没有其他原则能支持这种做法。
原则的应用
第五章处理自由原则的具体应用，穆勒在这里展现了他对原则边界的审慎态度。他承认，不伤害他人只是社会干涉的"必要条件"而非"充分条件"——许多情况下，个人在追求合法目标时不可避免且合乎情理地会引起他人的痛苦或损失，社会并不因此就有正当理由干涉。商业竞争中的胜利者给失败者带来的损失即属此类。
穆勒讨论了若干边界案例。关于毒药出售，他建议采用"预设证据"的方法：要求卖者登记交易时间、购买者信息、所购物品的性质和数量，并询问购买目的。这种措施对合法购买者不构成实质障碍，对意欲逃避侦查而将药物用于犯罪的人则构成障碍。关于酗酒，他认为不能仅仅因为醉酒而惩罚任何人，但对一个曾因醉酒对他人施暴而留有前科的人，可以将其置于专门的法律控制之下。关于教育，他主张国家应该强制要求每个儿童接受教育并达到一定标准，但不必由国家亲自提供教育——国家教育会变成一种"为了将人们塑造得彼此一模一样而特制的模具"。
政府包揽事务的三重代价
穆勒在全书结尾部分讨论了政府干涉的限度，提出了三个反对政府包揽事务的理由，即使这些干预并未侵犯自由。第一，由个人去完成比由政府代做通常会更好，因为没有人比有切身利益的人更适合处理相关事务。第二，让人民自己而非政府去完成事务，可以作为智能训练的手段，强化主动能力，锻炼判断力，获取熟悉的知识。这是"自由民族政治教育的实践部分"。第三，不必要地增加政府权力是一种极大的祸患——每一项政府职能的追加，都会将公众中活跃进取之士转变为政府的逢迎者。穆勒在此处写下了一段被后世反复引用的论述：如果公路、铁路、银行、保险、大型股份公司、大学以及公共慈善事业都成了政府的分支，那么纵有再多的出版自由和民主的立法机关，都不足以使国家变得真正自由，除了徒具自由之名而已。
穆勒在全书最后一段提出了一个超越具体论证的洞见，作为全书的收束：从长远来看，国家的价值，归根结底还是组成这个国家的个人的价值。一个国家为了要使它的人民成为它手中更为驯服的工具，哪怕是为了有益的目的，而使人民渺小，终将会发现，弱小的国民毕竟不能成就任何伟业；它为了达到机器的完善而不惜牺牲一切，到头来却将一无所获，因为它缺少活力，那活力已然为了机器更加顺利地运转而宁可扼杀掉了。
论证方式与适用边界
《论自由》采用层层递进、逐条反驳的论证方式。穆勒习惯先陈述对方可能的反驳，再予以回应，使论证在对抗中推进。在第二章中，他先提出易错性论证，再设想对方可能以"按良心行事"为由反驳，再回应说这恰恰是妄自认定绝对正确。穆勒的每个论点都预设了读者可能提出的异议，其说服力部分建立在能否成功回应这些异议之上。
穆勒的分析框架有其明确的限制条件。伤害原则的适用被严格限定在"文明社会"中，排除了儿童、未成年人以及被穆勒视为"落后的社会状态"。这套框架假定个人是具有一般常识的成年人，能够为自己的选择承担后果。它在处理个人与社会之间的"间接伤害"时，依靠的是对具体义务的锚定，而非对伤害概念的无限展开——这一策略使原则保持了可操作性，但也意味着对"什么是伤害"的初始判断本身就包含价值预设。
本书对"社会"的理解带有时代烙印。穆勒笔下的社会压力主要来自宗教信仰、道德习俗和阶级趣味，他反复批评清教徒的道德不宽容和中产阶级的趋同倾向。他尚未面对二十世纪以后出现的官僚化国家、大众媒体、消费文化以及数字技术。这些权力形式会怎样影响个人自主性，能否用穆勒的分析加以说明，是否需要新的概念工具，是阅读本书时可以继续追问的问题。