全书剧透提示：下文讲述唐泰斯被害入狱、取得宝藏、复仇布局及主要人物的结局。
即将到手的船长职位与婚姻
1815年，十九岁的埃德蒙·唐泰斯随“法老号”回到马赛。老船长勒克莱尔途中病死，大副唐泰斯接过指挥，平安带回船货。船主莫雷尔赏识他的本领与品格，准备让他正式当船长。唐泰斯想到的幸福很具体：改善老父亲的生活，迎娶相爱三年的梅尔塞苔丝，再带船出海。
他也带回了一件自己不懂危险的差事。船长临终托他在厄尔巴岛送交包裹；他履行遗命，见到流放中的拿破仑，又替对方接下一封送往巴黎的信。对唐泰斯而言，这只是服从死者的嘱托。法国正由波旁王朝统治，往来厄尔巴岛的信件却足以被当成政治阴谋的证据。
船上的押货员腾格拉尔嫉恨他升职，也怕他掌权后发现账目问题。梅尔塞苔丝的堂兄费尔南则嫉恨他得到爱情。费尔南与她一起长大，屡次求婚都遭拒绝；她明确告诉他，自己只爱唐泰斯，若唐泰斯被杀，她也不活。因此，费尔南想动刀，又害怕毁掉自己爱的人。
腾格拉尔看准了这个弱点。在酒馆里，他当着费尔南和裁缝卡德鲁斯的面，提议用监狱隔开情侣。他以左手写下一封匿名告密信，指称唐泰斯是波拿巴党的信使，还说明可以在哪里搜到信件。喝醉的卡德鲁斯抗议这样害人，腾格拉尔便假称玩笑，将纸揉成团丢开，然后带走他。费尔南捡起纸团，把信投了出去。
唐泰斯在婚宴上被军警带走。他仍安慰父亲和未婚妻，说误会很快就能澄清。莫雷尔四处奔走；卡德鲁斯酒醒后明白发生了什么，却被腾格拉尔用“可能当成同谋”吓住，最终没有揭发。
维尔福烧掉信，留下了囚徒
审讯唐泰斯的副检察官维尔福，也正在筹备婚姻。他将迎娶保王党圣梅朗侯爵的女儿勒内，借此巩固仕途。维尔福自己的父亲努瓦蒂埃却是波拿巴党人；为了与父亲的政治身份切割，他使用维尔福这个名字。
唐泰斯坦率讲完来龙去脉，维尔福已经相信他无罪，甚至准备释放。他忽然问巴黎信件寄给谁，得到的答案是：努瓦蒂埃。
这封信一下威胁到了他的父亲、婚姻和前途。他烧掉信件，却告诉唐泰斯，这是替他销毁唯一不利证据；又再三嘱咐他，接受任何询问时都别提收信人的名字。唐泰斯以为遇到恩人，满怀感激地答应。维尔福随即秘密下令，将他送往海上的伊夫堡。
维尔福自己则赶往巴黎，向路易十八报告拿破仑可能回国，以抢得告警之功。他隐瞒父亲牵涉其中，也把无知的水手说成危险的政治分子。不久拿破仑果然重返法国，努瓦蒂埃凭新的权势保住儿子的官位。莫雷尔趁机再次求情，维尔福让他写了一封夸大唐泰斯复辟功劳的申请，却压住不送。滑铁卢之后，这封善意求情书反而成了把唐泰斯继续关下去的材料。
政权来去，唐泰斯始终困在牢里。老父亲守着空屋等儿子，变卖物品，最后在悲伤与饥饿中死去。梅尔塞苔丝和莫雷尔曾尽力照料，莫雷尔还支付葬费和欠债。梅尔塞苔丝长期等不到消息，在孤独与绝望中接受费尔南的求婚。腾格拉尔则离开海船，凭莫雷尔的推荐到西班牙经商。所有人都走向新的生活，牢里的唐泰斯连这些变化都不知道。
墙后的法里亚神甫
最初，唐泰斯相信自己终会得到审判。他求见堡长，求给未婚妻传话，愤怒地威胁狱卒，结果被转入更深的地牢。巡视监狱的官员曾答应查他的案子，最后只在维尔福留下的恶性政治犯批注旁写下“无能为力”。新的看守以牢房号码称呼他，他成了三十四号。
希望耗尽后，他开始绝食。就在身体衰弱、以为自己将死的时候，他听见墙里持续的挖掘声。这个声音让他重新吃饭、重新行动。他打破水罐，利用碎片挖灰泥，又设法留下铁柄汤锅，拿它撬开石块。
墙后的囚徒终于钻了过来，是二十七号法里亚神甫。他原想挖到外墙，再跳海逃走，却因计算方向出错，挖进另一间牢房。狱中人人说他疯了，因为他常用巨额宝藏换取自由；唐泰斯接触后看到的，却是一位极有学问、耐心和创造力的人。
法里亚用床架的铁做工具，用鱼骨做笔、烟灰调墨，在布条上写书，还藏有用线缕编成的绳梯。他曾为意大利统一奔走，因政治计划受挫而入狱。困在石墙之内，他仍能研究历史、语言、数学和科学。
唐泰斯把经历讲给他听。神甫从谁能获益逐步追问，让他想起腾格拉尔、费尔南和卡德鲁斯同桌时的纸笔，推断出匿名信的来源；又认出努瓦蒂埃这个名字，告诉他，那正是维尔福的父亲。唐泰斯终于明白，毁掉自己的各股私欲怎样接在一起。他独自回房，立下复仇的誓言。法里亚看出他的变化，后悔自己在他心里唤醒了仇恨。
此后，神甫成了他的老师和父亲。他教唐泰斯语言、历史、科学，也教他上流社会的礼仪。原先只有航海经验的青年，渐渐能用另一种眼光理解人和社会。
两人还挖出一条新的逃路，计划让哨兵落入松动石板下的洞，捆住他后离开。法里亚坚持尽量不伤人命。准备接近完成时，他突然旧疾发作。唐泰斯依照嘱咐用药救回他，却无法恢复他瘫痪的手脚。神甫要他独逃，唐泰斯发誓，只要老人活着，就绝不离开。
尸袋通向大海，洞穴里藏着财富
法里亚为报答这份忠诚，将藏宝秘密交给唐泰斯。他曾为斯帕达家族最后一位贵族服务，并继承其书籍与文书。家族传说，一位富有的斯帕达红衣主教曾遭波吉亚父子毒杀，财富从此失踪。法里亚偶然将古老书签靠近火，发现受热显出的隐形文字，保住残纸，又补出了被烧掉的内容。
这是一份遗嘱，指明金币、金条和珠宝埋在基督山岛的洞穴里。法里亚认为，既然家族已绝、末代又立自己为继承人，这些财富便可以传给唐泰斯。他要青年记熟文字与方位，若只有一人出去，全部宝藏都归他。
神甫第三次病发时，药也无力挽回。唐泰斯陪着他死去，又躲在通道里听看守如何处置遗体。他们将尸体缝进粗布袋，等夜里运走。唐泰斯突然想到，活人走不了，死人能够出去。
他把法里亚移到自己的床上，伪装成睡着的自己，再钻入尸袋，从内部缝合袋口。他原以为会被埋进浅坟，打算破袋掘土。夜里，看守却给袋子绑上铁弹，从高处直接抛入海中。
唐泰斯在下沉时割破布袋、割断脚上的绳，挣扎着浮出水面，游到附近荒岛。风暴过去后，他借一艘遇难渔船的木板与红帽伪装成落水船员，被走私船“青年阿梅莉号”救起。船员雅科波对他格外友善，他则以熟练航海技术取得信任。此时才知道，自己已经被关了整整十四年。
剃去长须、剪短头发后，他发现连自己都难认出镜中人。伤害、学习与长久囚禁，已经改变他的面貌和声音。
他随走私船活动，终于等到船员在基督山岛交易的机会。登岛后，他沿石刻痕迹寻找洞口，再假装摔成重伤，坚决让同伴留下食物、武器和工具后离开。雅科波愿放弃自己的收入陪他，也被谢绝。
独处以后，他炸松巨石，发现地下入口，再拆开伪装的石壁进入第二层洞穴，挖出带有斯帕达纹章的木箱。金币、金条、珍珠与宝石确实还在那里。法里亚的秘密终于成了能够支配世界的力量。
先让“法老号”回到马赛
唐泰斯卖掉几颗钻石，为雅科波买船，派他到马赛打听父亲和梅尔塞苔丝；自己购置快艇，将宝藏转移到秘密储柜里。听到父亲死去、梅尔塞苔丝不知下落，他亲自返乡。
旧船员和邻居都认不出这个持英国护照的陌生人。他以威尔莫勋爵之名买下父亲住过的房屋，又化装为意大利神甫布沙尼，去找经营加尔桥客栈的卡德鲁斯。
他声称唐泰斯已在狱中死去，留下一颗钻石，要卖后分给几个“忠实朋友”。卡德鲁斯被愧疚与钻石诱出真话：腾格拉尔写信、费尔南投邮；自己知情不报；父亲如何死去；梅尔塞苔丝怎样等待后嫁人。唐泰斯也得知，费尔南已成为莫尔塞夫伯爵，在希腊阿里帕夏手下得了巨资；腾格拉尔是富有的银行家；只有莫雷尔仍记挂他，眼下却因船只连失、商家倒闭而濒临破产。
唐泰斯把钻石整个留给卡德鲁斯，换走莫雷尔当年留给父亲的红丝钱袋。他再扮成汤姆森·弗伦奇商行的英国代理人，原价买下莫雷尔的债权，借机查看监狱档案，取走匿名告密信，确认维尔福怎样利用求情书封死自己的出路。
随后他去见莫雷尔，恰遇“法老号”沉没的消息。船员全都活着回来，莫雷尔先为此感激上天，又坚持给他们发工资。即使自己已无力偿债，他也不愿亏待这些人。英国人将欠款延期三个月，暗中开始筹划。
到九月五日，莫雷尔仍凑不齐钱。去巴黎向已经富贵的腾格拉尔求助也遭拒绝。他准备自杀以保商誉，把支撑家庭、日后偿债的责任交给儿子马克西米利安。
就在开枪前，女儿朱莉拿着旧红丝钱袋冲了进来。她依照“辛巴达水手”的信，到唐泰斯父亲的旧居取回这个袋子，里面放着全部债务已经结清的凭证，以及作为她嫁妆的钻石。与此同时，一艘与旧船一模一样、装载同样货物的新“法老号”驶入港口，刚刚生还的船员也在船上。
莫雷尔一家获救。唐泰斯躲在人群后看他们拥抱，随后登船远去。报恩已经完成，他将全部力量转向复仇。
罗马出现了基督山伯爵
多年以后，莫尔塞夫夫妇的儿子阿尔贝与朋友弗朗兹·德皮奈到意大利旅行。弗朗兹先在基督山岛遇到一位神秘富人，对方自称辛巴达水手，以蒙眼的方式带他进入地下宫室，盛宴款待，还请他尝大麻膏。醒来后，宫室入口已经无从寻找，主人也乘快艇离开。
到罗马，弗朗兹又在竞技场偷听到这个人与匪首路易吉·万帕会面。他答应打点官府，救下即将处刑、曾为匪徒供给食物的牧人佩皮诺。万帕愿以绝对服从报答。
万帕原是聪颖而暴烈的牧童，与特蕾莎一起长大。为了满足她对华服的向往，他曾纵火偷衣；又枪杀企图劫走她的匪首，继任首领。他熟悉农民、渔民与走私者的网络，在罗马城外绑人索赎。早年，他曾替辛巴达指路；后来两人再交锋，辛巴达擒住他与部属又将他们放走，换得自己和朋友不受侵扰的保证。
这个富人在罗马旅馆正式以“基督山伯爵”之名出现，将马车和看台借给两个法国青年。弗朗兹渐渐确认，岛上的主人、竞技场的斗篷客和眼前伯爵都是同一个人。伯爵谈起惩罚，认为一瞬间的死亡不足以偿还漫长的精神折磨。这番话使弗朗兹不安，阿尔贝却只看到他的豪爽与本领。
狂欢节上，阿尔贝受到一位蒙面“农女”引诱，赴约后被万帕的人绑走。真正带他上车的，是乔装女子的少年贝波。赎金信送来，弗朗兹向伯爵求援。伯爵不带钱、不带武器，走入地下墓穴，责问万帕为何抓自己的朋友。万帕立即道歉放人，阿尔贝几乎没有受损。
阿尔贝想报答救命之恩，伯爵只提出一个要求：自己到巴黎时，请他负责引进社交圈。两人把日期与时刻约得分毫不差。
他走进三个仇人的家
伯爵准时出现在阿尔贝的巴黎早餐会上，认识内务部秘书德布雷、记者博尚、贵族夏托勒诺，以及已经成为军官的马克西米利安·莫雷尔。听到莫雷尔这个名字，他少见地流露温情。马克西米利安继承父亲的仁厚，曾在战场救下夏托勒诺，每逢父亲获救的纪念日，都愿尽力救另一个人。
阿尔贝随后把伯爵介绍给父母。费尔南接受陌生贵客对自己功绩的赞美，完全没有认出故人。梅尔塞苔丝却在听到他的声音时已经认出唐泰斯。她竭力维持礼仪，追问儿子有关这位客人的一切，既担心，也不敢明说。
腾格拉尔也认不出伯爵。他起初怀疑来客的“无限信用”，伯爵便用现成百万票据和数家银行的信用函压倒他，宣布在法国一年可能花费数百万。银行家从怀疑变成逢迎，急于把这种财富拉进自己的业务。
伯爵买下腾格拉尔夫人的爱马，再赠还给她，既引起夫妻争执，又让他们欠人情。随后，他预先安排阿里在奥特伊宅门外拦下一辆惊马狂奔的车，救出维尔福的续弦埃洛伊丝和他们的儿子爱德华。伯爵又用药救醒孩子，由此进入维尔福家的生活。
维尔福来谢恩，仍带着检察官自信。伯爵却以一种高踞世俗法律之上的口吻同他谈话，自许能够赏善罚恶，认为自己掌握着不受官府控制的力量。维尔福只觉得他古怪，没有想到这位客人正是被自己牺牲的水手。
在这些家族之外，伯爵还有一个愿意停留的地方：朱莉与丈夫埃马纽埃尔的家。他们有足够的钱以后便结束经营，安静相爱，珍藏红钱袋与辛巴达的信，仍盼有一天感谢恩人。伯爵在这里反复受到触动，却始终不肯承认身份。
奥特伊花园里救出的孩子
伯爵在奥特伊购买的旧宅，属于维尔福第一任岳父圣梅朗家。管家贝尔图乔一听地址便惊恐万分。在伯爵逼问下，他说出一段埋藏多年的往事。
贝尔图乔的哥哥原是帝国军官，在复辟后的政治屠杀中遇害。他向当时任尼姆检察官的维尔福求公道，反被讥讽拒绝，于是立下复仇之誓，一路跟踪维尔福到巴黎附近。
他发现维尔福秘密进入奥特伊，与一位怀孕的年轻妇人相会。一天夜里，他埋伏花园，看见维尔福带着木箱下楼，挖坑掩埋，便冲出去把刀刺进他胸口，取走箱子。他原以为拿到财宝，打开后才发现里面是一个窒息的新生婴儿。孩子还有生机，他设法救活，将其送入育婴院，留下一半绣有字母的布作认领凭据。
贝尔图乔以为维尔福已死。嫂子阿松塔后来凭另一半布领回孩子，取名贝内代托，极尽宠爱。孩子却早早显出偷窃、撒谎与残忍，长大后勾结恶少，为逼养母交钱，将她拖近火盆，导致她衣服起火、重伤而死，又把钱盗走。
贝尔图乔还曾藏在卡德鲁斯客栈里，目击那颗钻石带来的后果。珠宝商若阿内买下钻石，因暴雨折回留宿。卡德鲁斯夫妇贪图既留钱又拿回钻石，酿成杀人案；妻子中枪而死，商人被刺死，卡德鲁斯带财物逃走。贝尔图乔被误当凶手，后来得布沙尼相助，卡德鲁斯又落网认罪，他才获释，并经神甫推荐到伯爵手下。
伯爵由此掌握了维尔福的另一个秘密。刀伤没有杀死检察官，那个被埋葬的孩子也没有死。
伪造一对父子，请旧情人重返卧室
伯爵通过布沙尼和威尔莫两个身份，分别召来一个穷困的意大利男人和一个年轻逃犯，给他们钱、衣服、身份证件与统一身世，让他们扮成富有的卡瓦尔康蒂父子。年轻人以“安德烈阿·卡瓦尔康蒂”的名字进入巴黎，他真正的身份，就是贝内代托。
假父子私下很快承认，彼此都是领钱演戏。他们不知道伯爵的完整目的，只想尽量吃到这场骗局的好处。伯爵一面介绍他们进入社交圈，一面反复强调，自己不为他们的身份与品格担保。
奥特伊晚宴上，三个秘密当事人同时出现：贝尔图乔认出腾格拉尔夫人埃尔米娜，就是当年的孕妇；惊见自己刺过的维尔福仍然活着；又认出安德烈阿就是养子贝内代托。伯爵让他保持沉默。
晚餐后，伯爵把客人带到保留原貌的红色帷帐卧室，故作即兴想象，说这里也许发生过罪恶，一名男子或曾在黑夜抱着东西下楼。维尔福与埃尔米娜承受着旁人不懂的恐惧。到花园树下，伯爵又宣称翻土时发现了箱子和婴儿骸骨。
埃尔米娜几乎昏厥。她一直相信维尔福说的孩子出生即死。翌日两人密谈，维尔福却告诉她，伯爵的发现不可能是真的：自己伤愈后曾回来挖掘，早就知道箱子消失了，还查到育婴院收过同样布料包裹的活婴，后来被人领走。埃尔米娜这才知道，自己的孩子曾被活埋，也曾获救。
维尔福开始调查伯爵。线索却把他导向布沙尼与威尔莫。他亲自拜访两人，听到两套相互遮掩的经历：马耳他造船商之子、印度服役、希腊矿山、建疗养院或寻找矿泉。他没有发现，两个接受询问的人都是伯爵自己。
假电报与新的婚约
腾格拉尔夫人与德布雷有私情，也合作利用政府消息投机。银行家明知这种关系，只要能够赚钱，就愿意接受；一旦亏损，容忍便随之结束。
伯爵找到了光学电报线路上的一名值班人。那人最大的愿望，是拥有更大的果园。伯爵用足以使他离职置产的钱，换来三个被篡改的信号。传到政府的消息变成：唐·卡洛斯逃回西班牙，巴塞罗那起事。
德布雷立即通知情妇，腾格拉尔急忙抛售西班牙公债，造成巨额损失。次日政府更正，市场反弹，他又失去本可赚到的利润。此前的情人与丈夫之间那份默契，也被账目撕开。银行家要求妻子与德布雷分担亏损，明确告诉他们，不能只拿走利润，把失败留给自己。
其他坏消息继续到来，银行家的资本和信用越来越脆弱。他开始被安德烈阿的显赫身世与假想巨资吸引，盼通过女儿欧仁妮的婚姻得到新的钱。原先为她安排的丈夫是阿尔贝，但这门婚约逐渐被抛弃。
欧仁妮对两名求婚者都没有爱情。她想做艺术家，和亲密的音乐伙伴路易丝·达米莉一起过自由生活。父亲坦言婚姻是自己的融资需要，她便表面同意签约，同时为出走做准备。
伯爵又引导腾格拉尔向雅尼纳通信，打听费尔南当年在阿里帕夏覆灭中扮演的角色。银行家得到答复后，对莫尔塞夫家的婚约彻底冷淡。那段被爵位和财富遮住的过去，开始沿报纸进入巴黎。
隔着木门相爱的两个人
马克西米利安爱上的人，是维尔福与亡妻勒内的女儿瓦朗蒂娜。她在家里备受冷落，继母把全部关爱和野心放在爱德华身上，父亲又为她安排了与弗朗兹的婚姻。只有瘫痪失语的祖父努瓦蒂埃真心疼爱她。
她通过眼睛和字母、字典与祖父交谈，能够理解他清醒而坚定的意志。马克西米利安租下邻近的苜蓿地，乔装园丁，隔着封板的花园门与她见面。她不愿违抗父命，也怕父亲伤害爱人；他一次次忍耐，却越来越难忍受即将失去她。
努瓦蒂埃得知婚约，坚决反对。他让公证人立下遗嘱：若瓦朗蒂娜嫁给弗朗兹，他便把财富捐给慈善。维尔福为保持权威，仍不肯取消。
圣梅朗夫妇原要来巴黎促婚，侯爵却途中猝死，侯爵夫人到达后也很快病重。她急于看见孙女出嫁，临终仍催婚。瓦朗蒂娜终于在马克西米利安的绝望面前答应，若再无别的办法，就拒绝签字，与他离开。
约定之夜，她没能赴会：外祖母死了。马克西米利安越墙寻找，偷听医生达夫里尼向维尔福说，死状很像中毒。检察官为了名誉求医生暂时缄默。青年随后见到哭泣的瓦朗蒂娜，由她带去见祖父。努瓦蒂埃不许他们私奔或决斗，却保证自己能够阻止婚姻。
正式签约前，老人要求单独召见弗朗兹，拿出一份签名记录。弗朗兹的父亲凯内尔将军曾被误认为波拿巴党盟友，受邀参加秘密集会，听见阴谋后声明自己是保王党。离开时，他与俱乐部会长发生冲突，双方公平决斗，将军战死，尸体被投入河中。
努瓦蒂埃用眼睛确认，那个杀死弗朗兹父亲的人，就是自己。弗朗兹无法再娶他的孙女，退掉婚约。祖父随后恢复瓦朗蒂娜的继承权，并打算搬离维尔福家，等她成年后支持她嫁给马克西米利安。
继母的药瓶
埃洛伊丝对瓦朗蒂娜的财富始终怀有敌意。少女继承亡母、外祖父母和祖父的财产，爱德华却没有相当的财富；若少女死去，这些钱便可能经父亲转到儿子手里。
伯爵早在意大利就发现过她对毒药的兴趣。进入维尔福家后，他继续与她谈隐秘投毒、耐药和如何让死亡看起来像疾病，还提供了她索取的药方。他看着她越来越热切，知道自己播下的东西已经生根。
连死并没有随着圣梅朗夫妇结束。老仆巴鲁瓦奔走后口渴，瓦朗蒂娜把祖父的柠檬水倒给他。他喝下后痉挛死去。医生确认水里有毒，原本的目标是努瓦蒂埃；老人因长期接受同类药物治疗，耐受了足以杀死旁人的毒。
医生循遗产和饮食的表面线索，一度误把瓦朗蒂娜当成凶手。维尔福护住女儿，也继续压着调查。努瓦蒂埃却已看出危险，让孙女逐渐服用自己的药，事先保护她。
随后瓦朗蒂娜自己倒下。马克西米利安奔向伯爵求救。伯爵原先冷淡地说，这个家庭也许正在承受惩罚，他无意干预；直到青年说出自己深爱瓦朗蒂娜，他才惊觉，自己放任的灾祸已经咬中了最想保护的人。
他立即改变态度，承诺救她，并以布沙尼身份租下邻屋，打通能够秘密出入的路径。此后数夜，他暗中守护，替换被下毒的饮料。少女起先以为夜间的身影都是发热幻觉；伯爵现身解释，又让她装睡，亲眼看见继母倒药，才明白这一连串死亡的来源。
瓦朗蒂娜不愿亲自揭发继母。伯爵于是让她服药，进入形同死亡的深睡，叮嘱她，即使醒在棺木里也要相信有人保护。埃洛伊丝夜里验看，以为终于除掉她，清理杯子掩证。第二天，医生宣布少女死去。
马克西米利安不知道救人的安排。他在遗体前公开自己的爱情，要求维尔福尽检察官的责任。努瓦蒂埃把凶手告诉儿子，维尔福承诺很快惩罚。布沙尼随后来守夜，与老人独处；老人的惊惧从此转为旁人无法理解的安宁。
卡德鲁斯得到的最后机会
贝内代托进入上流社会后，卡德鲁斯找到了他。两人曾同在苦役监，受威尔莫帮助逃出。卡德鲁斯以揭发身份为要挟，索取生活费，随后又不断加码。
贝内代托想除掉这个危险。他故意暗示伯爵可能是自己的真父，死后会留钱给自己，又把宅邸布局、钱柜位置和仆人外出的时间告诉卡德鲁斯。卡德鲁斯果然动了盗窃乃至谋杀的念头。贝内代托同时匿名向伯爵告警，准备让伯爵杀死入侵者；若卡德鲁斯出来，自己再下手。
伯爵认出夜盗后，再次扮布沙尼现身。他问出贝内代托的关系，卡德鲁斯害怕秘密曝光，举刀刺他，却被身上的锁子甲挡住。伯爵制住他，逼他写信给腾格拉尔，揭穿安德烈阿的逃犯身份，然后允许他从原路离开。
伯爵已经看见有人在街上等候，却没有警告。他把接下来的命运交给自己所称的神意。卡德鲁斯翻墙落地，便被贝内代托连刺数刀。
伯爵把濒死者搬入屋内，派人叫医生与检察官，让他签下凶手姓名。卡德鲁斯愤怒地责问，既然知道危险，为何不救自己。伯爵列举自己给过他的钻石、自由与生活机会，说他每次都重新走向罪恶。临终前，他低声说出真实姓名。卡德鲁斯认出被自己辜负的唐泰斯，在祈求宽恕中死去。
贝内代托仍以为自己能完成豪门婚姻。签约之夜，伯爵当众说出从卡德鲁斯血衣中找到致银行家的信，自己已交给检察官。青年立即逃走，警察随即赶到，公开他的苦役犯身份和杀人指控。腾格拉尔幻想中的贵婿与巨资，在全巴黎面前一起消失。
海黛让费尔南面对雅尼纳
伯爵身边的希腊少女海黛，是阿里帕夏与瓦西莉姬的女儿。幼年时，她随父母退守湖中亭堡，地窖里堆着财宝与火药。忠仆塞利姆守着火种，若父亲送来匕首，便引爆同归于尽；若送来戒指，则表示得到赦免，可以熄火。
费尔南受阿里信任，出使归来却带回伪造的赦免。他取得真戒指，骗塞利姆熄灭火种，再让敌兵将其杀死。阿里发现真相后奋战，终于被杀。费尔南又将瓦西莉姬和海黛卖给奴隶商。母亲到君士坦丁堡看见城门悬着丈夫的首级，倒地死去。海黛几经转卖，后来被伯爵赎出。
伯爵在法国明确告诉海黛，她可以自由离开，恢复自己的生活。她却不愿离去，爱他远远超出报恩。他暂时把这份依恋理解为女儿对父亲的爱，也让她保守身世，等待时机。
在巴黎歌剧院，海黛看到伯爵与费尔南并肩，骤然认出叛徒。后来伯爵允许阿尔贝听她讲身世，却命她不说背叛者姓名。阿尔贝受到震动，仍不知道父亲就是那个法国军官。
当报纸先以“费尔南”报道雅尼纳叛卖，阿尔贝要求博尚撤文，否则决斗。博尚亲赴当地调查，取得证明，回来痛苦地告诉朋友：文章是真的。为保友情，他愿将独有的证明销毁，但另一家报纸很快公开叛徒就是莫尔塞夫伯爵，事情再也无法压住。
贵族院组织调查。费尔南拿阿里的信件与戒指辩护，谎称母女后来失踪，几乎获得同情。海黛此时主动请求出庭，带来出生、洗礼与奴隶交易的文书，指证他伪造诏令、出卖恩主和母女，还用右手的伤疤确认其身份。
费尔南无话可答，逃出会场。调查委员会一致认定他背叛、失荣。
梅尔塞苔丝救下儿子，也救下唐泰斯
阿尔贝要追究毁掉父亲的人。腾格拉尔告诉他，正是伯爵建议写信雅尼纳。把此前的种种细节连起来，他认定伯爵早已筹划一切，遂在歌剧院公开挑衅，要求决斗。
伯爵接受，甚至告诉马克西米利安，自己会杀死阿尔贝，让他的父亲承受痛苦。梅尔塞苔丝当夜找上门，终于以“埃德蒙”称呼他，请他饶恕儿子。
唐泰斯拿出当年的匿名信，向她揭露费尔南怎样毁掉自己。她此前并不知道投信的秘密。她承认自己没有等到底，却恳求复仇落在有罪的人身上，别让儿子为此送命。
在她面前，伯爵重新说出了梅尔塞苔丝这个名字，也重新承受过去的爱情。他终于答应阿尔贝会活，却打算在决斗中让自己死去：他不愿当众退让，以为只能用性命完成承诺。
次日，阿尔贝来到约定地点，却当着全部见证人向伯爵道歉。母亲已经把当年的真相告诉他。他承认伯爵有理由向费尔南复仇，感谢他没有使用更严厉的手段。决斗因此取消，两个男人都活了下来。
阿尔贝与母亲决定离开莫尔塞夫家，放弃财产与带来耻辱的姓氏。他使用母亲的娘家姓埃雷拉，准备靠自己重新生活。伯爵得知，写信提出把当年为婚姻积攒的钱交给梅尔塞苔丝，供她在马赛旧居栖身。她接受了这份与费尔南罪财无关的钱。
费尔南闻儿子道歉，亲自去向伯爵挑战。他要知道这个人的真姓名。唐泰斯换回水手衣服，提起被夺走的未婚妻。费尔南终于认出了他，惊恐离开。回家后，他看见妻儿搬走，谁也没有回头，便开枪自杀。
阿尔贝后来以替人从军的方式加入赴非洲的骑兵，把所得的钱给母亲，盼靠军功挣得清白的新名字。梅尔塞苔丝独自住回马赛。她没有与唐泰斯重续婚姻，只为儿子祈祷，也为亡夫与往日的自己承受悲伤。
检察官审到了自己的儿子
欧仁妮借订婚丑闻实现离家计划。她剪短头发、换上男装，与路易丝携钱和珠宝，持男性艺术家护照逃往比利时，打算继续去意大利，以音乐谋生。
逃亡的贝内代托恰巧也住进同一客栈。他躲避警察，从烟囱爬进两人的房间，惊动住客，被当场捕获。二女承受围观与讥笑后继续上路；他被带回巴黎。
埃尔米娜想求维尔福宽放这个几乎成为女婿的罪犯，免得自家再受羞辱。维尔福严厉拒绝。他正用准备大案掩埋自己的悲伤，决心凭这场起诉证明仍能掌握正义。
开庭前，他先处置家里的凶手。他告诉埃洛伊丝，自己已经知道她的全部投毒，要她自行服毒保住他的名誉；若回来仍活着，就亲手逮捕她。妻子以儿子哀求，他仍不回头，锁门离开。
法庭上，贝内代托平静回答年龄、出生地点和日期，接着宣布：自己的父亲就是检察官维尔福。他已经从贝尔图乔那里知道身世，便当众描述红帷卧室、刻字布料、花园木箱，以及养父怎样将自己救活。他说母亲以为自己死了，不承担埋儿的罪。
观众席中的埃尔米娜再次昏厥。维尔福也无法继续抵抗，承认这一切都是真的，把自己交给继任检察官。审判中止，贝内代托等待新的审理；故事没有再交代他的最终刑罚。
维尔福回家途中，忽然想到刚被自己逼去死的妻子。他如今也被揭成罪人，开始后悔，要带她和爱德华远走。但回到家，已经来不及。埃洛伊丝服毒而死，还毒死了爱德华，留信说，一个好母亲不能独自离开。
伯爵正在楼下与努瓦蒂埃交谈。他揭开布沙尼的伪装，宣布自己是埃德蒙·唐泰斯，认为维尔福已经受到足够惩罚。维尔福把他拉到母子尸体前，让他看是否报够了仇。
伯爵第一次无法再说上帝站在自己这一边。他拼命尝试救活孩子，最终失败。维尔福已经疯了，拿着铁锹在花园里四处挖掘，反复说要找到那个婴儿。
留一个仇人活着
腾格拉尔的资金缺口越滚越大。伯爵凭无限信用提走五百万之后，慈善机构也来索取相同数目的存款。他敷衍到第二天，自己却带着可向罗马汤姆森·弗伦奇商行兑款的收据逃走，只给妻子留下一封冷酷的告别信。
埃尔米娜再去求德布雷，等来的只有账目。情人把秘密投机中属于她的钱结清，劝她旅行，毫无同她继续生活的打算。她保住了一笔财富，却被丈夫、女儿和情人分别留在身后。
腾格拉尔到罗马取款，以为已经脱险，出城后却被万帕的匪徒劫入地下墓。他们把每一份食物都标上惊人的价格，酒水另算。不付，就让他挨饿，看着看守在门外吃饭。
他起先愤怒抵抗，饿得受不住便签款买餐。几天过去，五百万被一点点换成食物，只剩最后五万。他又舍不得交出尾款，忍饿到濒死，幻觉中看到一个同样饥饿的老人。
伯爵终于出现，问他是否悔恨。他答愿悔罪，伯爵便说出唐泰斯的名字，告诉他，自己就是曾被他出卖、使父亲饿死的人。其余同谋一个已死、一个已疯，但他将被饶恕，因为伯爵自己也希望得到宽恕。
五百万已经归还医院。腾格拉尔可以带着最后五万离开。得到食物与自由后，他在清晨的水面看见，自己的头发已经全白。
十月五日，等待的人重新相见
马克西米利安始终以为瓦朗蒂娜死了。葬礼后，他准备自杀，伯爵赶到房里阻止，终于承认自己就是当年救莫雷尔全家的唐泰斯。朱莉和埃马纽埃尔拥抱感谢他，马克西米利安也无法不听这位恩人的话。
伯爵让青年再等一个月，承诺到十月五日，如果仍不能治愈他的绝望，便不再阻止他。他带他离开巴黎，又在马赛暂时分开，约定基督山岛相见。
离开巴黎后，伯爵重访伊夫堡，见到自己的旧牢、血痕和祈祷文字，又找到法里亚写在布条上的遗稿。过去的苦难重新变得清晰，神甫的身影也再度支撑他。但爱德华的死已经留下无法消除的疑问。他仍在反复寻找自己行动的根据，不能再毫无代价地扮演掌管命运的人。
十月五日，马克西米利安依约登岛，依旧坚持要死。伯爵最后给他一份药物，任他相信这是安静结束生命的办法。青年服下，逐渐失去知觉。
就在他昏睡时，伯爵打开另一道门，瓦朗蒂娜走了出来。她的死亡一直是假象；离开法国后，海黛陪在她身边，一起等待重逢。伯爵把爱人交还给马克西米利安，希望保存这两条生命，能成为自己造成伤害之后的一份补偿。
他原想把海黛也托付给他们，恢复她的财富、身分与自由，独自离开。海黛却让他明白，她愿意留下，因为她爱他，也希望与他共同生活。伯爵终于接受这份爱情，承认自己还能重新与生命发生联系。
马克西米利安醒来，看见活着的瓦朗蒂娜。第二天清晨，两人走到海边，雅科波把伯爵的信交给他们。努瓦蒂埃在里窝那等孙女，准备在婚前祝福他们；洞穴中的财富、巴黎住宅和特雷波尔庄园，都被留作婚礼赠礼。伯爵还请瓦朗蒂娜把经父亲和弟弟转来的巨额遗产施给穷人。
直到读信，她才知道父亲已经疯了，继母与弟弟也已死去。重获的幸福并没有抹去这份哀痛。
伯爵在信里承认，自己曾一瞬间以为能与上帝并列，如今知道只有上帝拥有最高的力量与智慧。他请他们为自己祈祷，末尾留下两个词：“等待与希望。”
两人想再见他，雅科波却指向远处的白帆。基督山伯爵与海黛已经一起离岛，驶向海天相接的地方。